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Afin de démontrer l'intérêt de la construction de graphes dans les domaines de l'écologie et de l'environnement, le consortium a organisé deux ateliers en simultané à Aix-en-Provence au CESAB et Paris à l'ISCC. Ils ont réuni un petit groupe de spécialistes de la donnée et un petit groupe de producteur de données environnementales. L’objectif étant la réorganisation d'une partie des jeux de données par les participants via les descripteurs adéquats et de préparer les manipulations sous forme de graphe.

Le catalogue de métadonnées du portail d'ECOSCOPE

Description de la base de données :

• Métadonnées de jeux de données d’observation de la biodiversité à différents niveaux d’organisation du vivant

• Type de données : données descriptives des dispositifs et de leurs jeux de données

• Date de création : 2015

• Type de logiciel : PostGre pour le stockage des métadonnées ; application de saisie et export au format XML ; PostGIS pour le stockage des informations géoréférencées

• Nombre d’utilisateurs : 50 à 100 pour les fournisseurs de métadonnées avec codes d’accès, beaucoup plus pour les potentiels utilisateurs (chercheurs, associations, gestionnaires, institutionnels…)

• Taille (Octet) et envergure spatio-temporelle – N/A

• Données accessibles en ligne : Oui sur le site ecoscope.fondationbiodiversite.fr/ecoscope-portal/

Contenu de la base de données :

• Principaux champs porteurs d’information :

Titre, résumé, variables, couvertures temporelle et spatiale, taxons, matériel et méthodes, contacts, conditions d’accès et d’utilisation des données, collection, URL vers la base de données…

• Nombre d’enregistrements dans les tables principales : 50 lignes pour la table dispositif, 150 lignes pour la table jeu de données

• Combien/quel % de champs/descripteurs doivent obligatoirement avoir une valeur : title et starting date sont obligatoires à compléter dans l’application

Les données du réseau SAGIR

Description de la base de données :

• Données d’autopsie de faune sauvage terrestre : lésions, résultats d’examens complémentaires

• Date de création: BDD depuis les années 90, données depuis les années 50

• Type de logiciel: Application de saisie, export au format excel

• Nombre d’utilisateurs : environ 200 avec codes d’accès

• Taille (Octet) et envergure spatio-temporelle – N/A

• Données accessibles en ligne? Accès réservé aux observateurs avec login/mot de passe

Contenu de la base de données :

• Principaux champs porteurs d’information :

espèce, date, lieu, lésions, agents pathogènes isolés, processus pathologiques principal et accessoire, cause définitive de la mort…

• Nombre d’enregistrements dans les tables : dizaines de milliers d’entrées

• Combien/quel % de champs/descripteurs doivent obligatoirement avoir une valeur : ~ 50 % de champs/descripteurs doivent obligatoirement avoir une valeur

La base de données ArkeoGIS

Description de la base de données :

• Plus de 50 extraits de bases de données liées au passé (archéologie, environnement)

• Type de données : Données spatialisées, ponctuelles, uniiées par une ontologie. Bases empilées (présentent des doublons)

• Type de logiciel : Gestion des bases via PostgresSQL

• Nombre d’utilisateurs : environ 200 avec codes d’accès

• Taille (Octet) et envergure spatio-temporelle – de quelques kilos à plusieurs méga, via la format d'échange csv

• Données accessibles en ligne? Depuis 2012

Contenu de la base de données :

• Principaux champs porteurs d’information : information spatiale, bornes chronologiques, 4 niveaux de caractérisation...

• Nombre d’enregistrements dans les tables : de dix à des milliers d’entrées

La base de données Vigie-Nature

Description de la base de données :

• Données de biodiversité issues des sciences participatives

• Type de données : observations protocolées

• Date de création : 1989 (pour la plus ancienne)

• Type de logiciel : Access, MySQL, PostGres, Oracle, MongoDb...

• Nombre d’utilisateurs : plus de 10 000 fournisseurs de données, quelques dizaines pour exploiter les données

• Taille (Octet) et envergure spatio-temporelle – Dizaine de Tera ces 25 dernières années

• Données accessibles en ligne : en cours de développement

Contenu de la base de données :

• Principaux champs porteurs d’information : Observation de taxons et interactions entre taxons/individus (présence, effectif, classe, variables de contexte...)

• Nombre d’enregistrements dans les tables : de 10³ à 10⁶ entrées

La base de données APECS

Description de la base de données :

• Données d'observation du requin pélerin dans l'Atlantique Nord-Est et en Bretagne

• Type de données : issues des sciences participatives et opportunistes

• Date de création : 1997

• Type de logiciel : MS Access organisée en trois tables

• Nombre d’utilisateurs : environ 1400

• Taille (Octet) et envergure spatio-temporelle – 5 MégaOctects

• Données accessibles en ligne : non

Contenu de la base de données :

• Principaux champs porteurs d’information : Zone géographique, année, commune, type d'observation, classe de taille

• Nombre d’enregistrements dans les tables : 1402

Personnes connectées : 1